भाजपच्या गोटात दाखल होऊन काही दिवस उलटत नाही तोच गणेश नाईक यांना उपेक्षित वागणुकीला सामोरे जावे लागले आहे. भाजपचे राष्ट्रीय कार्यकारी अध्यक्ष जे.पी.नड्डा यांच्या उपस्थितीत रविवारी ठाण्याच्या गडकरी रंगायतनमध्ये कार्यक्रमाचे आयोजन करण्यात आले होते. यावेळी व्यासपीठावर जागा न मिळाल्यामुळे गणेश नाईक आणि त्यांचे पुत्र माजी खासदार संजीव नाईक कार्यक्रमातून आल्या पावली माघारी परतले. त्यामुळे भविष्यात गणेश नाईक आणि भाजपचे कितपत जमणार, याबाबत शंका उपस्थित होऊ लागल्या आहेत. तर दुसरीकडे गणेश नाईक यांचा वाढदिवस असल्याने ते कार्यक्रमातून लवकर निघून गेल्याची सारवासारव काहीजणांकडून करण्यात आली.
गणेश नाईक यांनी नवी मुंबई येथे काही दिवसांपूर्वीच मुख्यमंत्री देवेंद्र फडणवीस यांच्या उपस्थितीत ४८ नगरसेवकांना घेऊन भाजपमध्ये प्रवेश केला होता. १५ वर्षे गणेश नाईक हे ठाणे जिल्ह्याचे पालकमंत्री होते. शहरी आणि ग्रामीण भागात गणेश नाईक यांचे मोठ्या प्रमाणात समर्थक आहेत. त्यामुळे ठाण्यात शिवसेनेच्या एकनाथ शिंदे यांना शह देण्यासाठी भाजपला तगडा नेता मिळाल्याची चर्चा राजकीय वर्तुळात होती. मात्र, कालचा एकूणच प्रसंग पाहता गणेश नाईक भाजपमध्ये कितपत रमणार, याविषयी साशंकता व्यक्त केली जात आहे. दरम्यान, या प्रकारावरून राष्ट्रवादी काँग्रेसचे नेते जयंत पाटील यांनी गणेश नाईक यांना खोचक टोलाही लगावला. व्यासपीठावर जागा न मिळाल्याने गणेश नाईक यांना कार्यक्रमातून जाताना पाहून मला दु:ख वाटले. गणेश नाईक यांच्यासारख्या मोठ्या नेत्याला व्यासपीठावर जागा न देणारी भाजप ही खऱ्या अर्थाने पार्टी विथ डिफरन्स असल्याचे जयंत पाटील यांनी म्हटले.