राज्यातील विद्यापीठांनी वार्षिक खर्चाचे लेखा परीक्षण दरवर्षी शासनास सादर करणे आवश्यक असते. मात्र, एसएनडीटी विद्यापीठाने २०१५ -१६ पासूनचे आणि मुंबई विद्यापीठाने २०१३-१४ पासूनचे लेखा परीक्षण अहवाल शासनाला दिले नाहीत. तर, मराठवाड्यातील डॉ. बाबासाहेब आंबेडकर मराठवाडा विद्यापीठाने १९-२० पर्यंतचे वार्षिक लेखे सादर केलेत.
डॉ. बाबासाहेब आंबेडकर विद्यापीठाने सादर केलेल्या वार्षिक लेखामध्ये काही त्रुटी आढळल्या होत्या. तसेच, या विद्यापीठात कोटयावधी रुपयांचा गैरव्यवहार झाल्याच्या तक्रारी प्राप्त झाल्या होत्या.
प्राप्त तक्रारीच्या अनुषंगाने राज्यसरकारने चौकशी समिती नेमली. चौकशी समितीच्या अहवालातून काही बाबी उघड झाल्या. त्यातून गैरव्यवहार झाल्याचे दिसून आले. हा अहवाल राज्यपालांकडे पाठविण्यात आला आहे.
डॉ. बाबासाहेब आंबेडकर विद्यापीठाच्या शुल्क वहीत १७.९६ कोटीच्या नोंदी नाहीत. निविदा प्रक्रिया पार न पाडता २६.५२ कोटीची खरेदी केलीय. उच्च दर घेऊन विद्यापीठाचे सहा कोटीचे नुकसान, तसेच आणखी चार कोटींचा गैरव्यवहार असा एकूण ५३ कोटीहून अधिक रुपयांचा गैरव्यवहार झाल्याचे अहवालात म्हटले आहे.
चौकशी समितीच्या अहवालानंतर या गैरव्यवहाराला जबाबदार असणारे अधिकारी, कर्मचारी यांच्याविरुद्ध कारवाई करण्याच्या सूचना विद्यापीठांना देण्यात आल्यात. तसेच, हा अहवाल विद्यापीठाचे कुलपती या नात्याने राज्यपालांकडे पाठविण्यात आला आहे. राज्यपाल यांनी विद्यापीठाला उचित आदेश द्यावेत अशी विनंती पत्राद्वारे करण्यात आल्याचे राज्याचे उच्च व तंत्र शिक्षण मंत्री उदय सामंत यांनी सांगितले.