महाराष्ट्राच्या विधीमंडळाने नामांतराचा ठराव १९७८ मध्ये एकमताने मंजूर केला. परंतु, या नामांतराला प्रखर विरोध झाला आणि आंबेडकरवादी जनतेला तब्बल १६ वर्षे संघर्ष करावा लागला. अखेर १४ जानेवारी १९९४मध्ये आंदोलक व विरोधकांमध्ये समन्वय झाला आणि विद्यापीठाचे नाव केवळ डॉ बाबासाहेब आंबेडकर न ठेवता पुढे मराठवाडा जोडायचे ठरले. या नामांतराला आज २२ वर्षे पूर्ण झाली.
जवळपास दोन वर्षे या आंदोलनाला हिंसेचा सामना करावा लागला. दलितांच्या घरांची जाळपोळ झाली, हजारो विस्थापित झाले, काहींना तर प्राण गमवावे लागले. मराठवाड्यातल्या जवळपास १२०० गावांना झळ पोचली होती. मात्र अखेर, ज्या महापुरुषाने देशातल्या शोषितांसाठी लढा दिला, स्त्रियांच्या स्वातंत्र्याची ध्वजा खांद्यावर मिरवली त्या उच्चविद्याविभुषित बाबासाहेब आंबेडकरांचे नाव आज विद्यापीठाला मिळाले