जमीन घोटाळा, दाऊद इब्राहिमशी संबंध व इतर बर्‍याच आरोपांवरून खडसे यांना मंत्रीपदावरून जावे लागले. त्यामुळे फक्त चोवीस तासांत नाथाभाऊ होत्याचे नव्हते झाले. ज्या पक्षात चाळीस वर्षांत फुले वेचली तिथे गोवर्‍या वेचण्याची वेळ आली, अशी अवस्था नाथाभाऊंची झाली आहे, अशी खरमरीत टीका शिवसेनेने एकनाथ खडसे यांच्यावर केली आहे.
विधानसभा निवडणुकांवेळी युती तोडण्यास शिवसेनेकडून एकनाथ खडसे यांना जबाबदार धरण्यात येते. याच विषयावरून शिवसेनेने खडसे यांना लक्ष्य केले आहे. शिवसेनेने सामनातील अग्रलेखातून खडसेवर ही वेळ येण्यास ते स्वतःच जबाबदार असल्याचे म्हटले आहे.
शिवसेनेने म्हटले आहे की, कधी कधी राजकारणात जे पेरावे तेच उगवते याचा अनुभव घ्यावा लागतो. खडसे सध्या तो घेत आहेत. शिवसेनेबरोबरची युती तोडल्याचा आनंद त्यांनी घेतला. त्या आनंदावर इतक्या लवकर विरजण पडेल असे खडसे यांना वाटले नसेल. खडसे यांना हे सरकार आपले वाटत नाही. ‘तुमचे सरकार’ असे ते म्हणतात. तपस्येतून विरक्तीकडे…असा नवा मार्ग त्यांनी शोधला आहे काय? सध्याच्या राजकारणात ‘त्याग’ व ‘तपस्या’ हे शब्द मातीमोल ठरले आहेत, असे परखड मत एकनाथ खडसे यांनी व्यक्त केले आहे. माझी ४० वर्षांची मेहनत आणि तपस्या वाया गेली…’ असा आतला ‘आवाज’ खडसे यांनी विनोद तावडे यांच्या साक्षीने काढला. अर्थात, स्वत: तावडेदेखील ‘डिग्री’ प्रकरणात सुपातून जात्यात भरडले जाता जाता बचावले आहेत. त्यामुळे नाथाभाऊंच्या आतल्या आवाजाने तावडे यांचे कान उगाच बधिर झाले असतील. ‘त्याग’ व ‘तपस्या’ या शब्दांची जागा निदान राजकारणात तरी ‘कपट’, ‘कारस्थान’ या शब्दांनी घेतली आहे. खडसे यांना असे वाटते की, त्यांच्या बाबतीत दगाबाजी झाली आहे. ‘योग्य वेळी तोंड उघडून देशात भूकंप घडवू,’ अशी धमकी त्यांनी मधल्या काळात दिली होती, पण इटलीत व युरोपातील काही राज्यांत भूकंप झाला, देशात महापूर आले. मात्र खडसे यांचा बॉम्बगोळा फुटून भूकंप काही होत नाही.